Tháng 12 năm 1689, Nghị viện thông qua một trong những văn bản hiến pháp quan trọng nhất trong lịch sử Anh quốc, Tuyên ngôn Nhân quyền. Nó trình bày lại và xác nhận rõ nhiều quy định của Tuyên bố về Quyền ban đầu - bị hạn chế bởi đặc quyền hoàng gia; nó tuyên bố, ngoại trừ những trường hợp cá biệt, Quốc vương không thể làm các việc như đình chỉ Quốc hội, thu thuế mà không có sự đồng ý của Nghị viện, xâm phạm quyền kiến nghị, xây dựng quân đội trong thời bình mà không được Nghị viện đồng ý, can thiệp quá sâu vào các cuộc bầu cử Quốc hội, phủ nhận quyền mang huy hiệu của thần dân Tin Lành, trừng phạt các thành viên Lưỡng viện bởi vì bất cứ sự tranh cãi nào, đòi hỏi trợ cấp quá nhiều, hoặc sử dụng những hình phạt tàn nhẫn hay bất thường. Tuyên ngôn Nhân quyền cũng khẳng định việc kế vị. Sau cái chết của William III hoặc Mary II, người còn lại sẽ tiếp tục trị vì. Kế vị tiếp sau đó là con cái nếu có của họ, sau nữa là em gái Mary, Anne và các con bà ta. Và cuối cùng trong danh sách là những đứa con mà William có thể có nếu ông tái hôn.[54]

Từ năm 1690 trở đi, William thường xuyên vắng mặt ở nước Anh vì chiến trận, mỗi năm thường vào mùa xuân đến tận mùa thu. Năm 1690, ông giao chiến với quân Jacobites (những người ủng hộ James) ở Ireland, và khi chồng đi vắng, Mary quản lý đất nước dưới sự tư vấn của một Hội đồng phụ chính gồm 9 người.[55][56] Bà không quan tâm đến thứ quyền lực đó và cảm thấy "bị tước đoạt tất cả những gì thân yêu với quả nhân trong con người phu quân quả nhân, còn lại trong đó là những người hoàn toàn xa lạ với quả nhân, chỉ có em gái ta có thể cho ta một chút sự an ủi từ cô ấy."[57] Anne mâu thuẫn William và Mary quanh chuyện tiền bạc, và quan hệ giữa hai chị em xấu đi.[58]

William nghiền nát quân Jacobites ở Ireland năm 1692, nhưng ông tiếp tục tham gia các chiến dịch ở nước ngoài để chống lại người Pháp trên đất Hà Lan. Khi chồng không có mặt, Mary cai trị một mình khi không có những cố vấn của ông ta; trong khi nếu ông ta có mặt ở Anh, Mary hoàn toàn không can thiệp vào các vấn đề chính trị, như đã thỏa thuận trong Tuyên ngôn và Dự luật Nhân quyền,[48][54] và như bà từng hứa.[59] Bà chứng tỏ mình là một nhà lãnh đạo hiệu quả, đã ra lệnh bắt giữa hoàng cựu, Henry Hyde, Bá tước Clarendon thứ 2, vì âm mưu của ông ta nhằm khôi phục ngai vua cho James II.[60] Tháng 1 năm 1692, một nhân vật có ảnh hưởng lớn là John Churchill, Bá tước Marlborough thứ nhất, bị sa thải vì nguyên do tương tự; việc sa thải này phần nào khiến bà mất đi sự tín nhiệm[34] và tiếp tục làm tổn thương mối quan hệ giữa bà với cô em gái Anne (người có quan hệ thân thiết với phu nhân của Churchill, Sarah).[61] Anne xuất hiện với Sarah tại triều đình, rõ ràng là muốn ủng hộ Churchill đang bị thất sủng, dẫn đến việc Mary nổi cơn thịnh nộ đòi Anne từ bỏ Sarah và dọn khỏi nơi ở của mình.[62] Mary mắc bệnh vào tháng 4, và bỏ buổi lễ cầu nguyện ngày chủ nhật lần đầu tiên trong 12 năm.[63] Bà cũng không thể đến thăm Anne, lúc đó đang trải qua một ca sinh khó. Sau khi Mary hồi phục và cái chết của đứa con Anne ngay khi mới chào đời, Mary đến thăm em gái, nhưng lợi dụng cơ hội đó để trách móc Anne vì quan hệ giữa bà ta với công nương Sarah.[64] Hai chị em không bao giờ gặp nhau lần nào nữa.[65] Marlborough bị bắt và tống giam, nhưng rồi được thả ra sau khi người tố cáo bị phơi bày là kẻ mạo danh.[66] Mary đã ghi lại trong quyển nhật ký rằng sự rạn nứt trong quan hệ chị em là sự trừng phạt của Chúa đối với cái "bất thường" của cuộc cách mệnh.[67] Bà cực kì sùng đạo, và tham gia cầu nguyện ít nhất hai lần một ngày.[68] Nhiều người đi theo bà hướng về một lối sống trụy lạc, sinh hoạt không điều độ và những thói xấu.[69] Bà cũng tham gia vào các công việc của Giáo hội — tất cả những vấn đề về sự bảo trợ của Giáo hội đều được chính tay bà thông qua.[70] Khi Tổng Giám mục Canterbury John Tillotson chết vào tháng 12 năm 1694, Mary bổ nhiệm Giám mục Worcester Edward Stillingfleet lên thay, nhưng William bác lại lệnh đó và bổ dụng Giám mục Lincoln Thomas Tenison.[71]

Mary có vóc người cao (5 foot 11 inches; 180 cm) và dường như cân đối; bà thường xuyên đi bộ giữa các cung điện Whitehall và Kensington.[72] Tuy nhiên cuối năm 1694, bà mặc bệnh đậu mùa. Bà tránh xa những người chưa từng mắc bệnh, để tránh dịch bệnh lây lan.[73] Anne, lại mang thai một lần nữa, gửi cho Mary một lá thư nói rằng bà sẽ đi đến bất cứ đâu để được nhìn thấy chị mình một lần nữa, nhưng lời đề nghị bị khước từ bởi người hầu phòng của Mary, nữ Bá tước Derby.[74] Mary giá băng ở Cung điện Kensington vào sau lúc nửa đêm ngày 28 tháng 12.[75] William, đang ngày càng phải dựa vào Mary, bị suy sụp sau cái chết của bà, và nói với Burnet rằng "từ là người hạnh phúc nhất" bây giờ ông là "người bất hạnh thế gian này".[73] Trong khi những người Jacobites coi đó là sự trừng phạt của Chúa vì bà đã phạm vào điều răn thứ năm ("tôn kính phụ thân"), bà được thương tiếc rộng rãi ở Anh.[76] Trong mùa đông lạnh giá, dòng sông Thames đóng băng, di thể bà được ướp và quàn tại Banqueting House, Whitehall. Ngày 5 tháng 3, bà được an táng tại Tu viện Westminster. Đám tang của bà là sự kiện đầu tiên trong gia đình hoàng gia chứng kiến sự tham gia của tất cả các thành viên lưỡng viện.[77] Nhằm phục vụ cho buổi lễ, tác gia Henry Purcell đã viết Music for the Funeral of Queen Mary.[78][79]